湖南省中医药研究院系国家中医药传承创新工程全国重点中医药科研机构，拥有国家食品药品监督管理局药品临床研究基地，国家第二批中医临床研究基地(中风后遗症)，中药粉体与创新药物省部共建国家重点实验室培育基地，中药粉体关键技术及装备国家地方联合工程实验室，国家中医药管理局中药粉体技术重点研究室，中国中医药文献检索中心湖南分中心，国家中医药管理局中医药文化科普宣传教育基地，以及国家中医药管理局三级实验室2个(中药制剂、中药药理)，芙蓉实验室“中药制剂关键技术研发平台”，省重点实验室2个(中药新药研究与开发、中医肿瘤)，省级工程研究中心4个(抗肿瘤中药创制技术湖南省工程研究中心、湖南省中药超微工程技术研究中心、湖南省传统中药制剂质量评价与溯源工程技术研究中心、湖南省药食同源功能性食品工程技术研究中心)，省临床医学研究中心2个(中医肿瘤学、中风病中医)，省中医药管理局重点实验室3个(湖南省中医药基础研究、中药化学、中药生化)、重点研究室2个(肝癌证治、中医中风病)，长沙市科技创新平台3个(湖湘名医名方制剂研发与转化平台、抗肿瘤中药复方研究平台、中医药防治骨关节病研究中心)，中华中医药学会名医名家科普工作室2个，国医大师工作室1个，全国名中医工作室1个，全国名老中医传承工作室14个，全国学术流派传承工作室1个，湖南省名老中医药专家传承工作室2个，刘良院士专家工作站骨关节病研究中心等科研平台。