1957年3月17日，湖南省中医药研究院的前身——湖南中医药研究所成立，与湖南省立中医院、湖南省中医进修学校“三位一体”，党政统一领导，经费独立核算，隶属湖南省卫生厅和中国科学院湖南分院双重领导，所址设在长沙市蔡锷北路营盘街，李聪甫任首任所长。1962年更名为湖南省中医药研究所，改由湖南省卫生厅直接领导。1966年，经省委批准，湖南省卫生厅决定将研究所并入湖南中医学院，党政统一归口中医学院领导，事业经费与科研经费独立核算，对外仍称湖南省中医药研究所，所址迁入长沙市南区砂子塘湖南中医学院内。

　　1972年初，湖南省革命委员会生产指挥组决定将研究所从湖南中医学院分出，恢复1966年以前的建制，直属湖南省卫生厅领导，同年3月，所址迁至长沙市麓山路。1978年党的十一届三中全会召开，研究所的发展迎来重要的历史机遇，1981年3月，经省委批准成立研究所党委(县团级)。1984年9月，省委决定将研究所更名为湖南省中医药研究院，1985年10月升格为计划、财政单列的厅局级科研事业单位。1992年12月，省编办批复同意省中医药研究院总编制为560名，其中附属医院(与中医临床研究所一个机构两块牌子)人员编制308名。

　　2002年7月，为支持湖南中医学院申报更名湖南中医药大学，省委省政府决定将湖南省中医药研究院与原湖南中医学院合并，保留湖南省中医药研究院名称。2006年，湖南中医学院成功更名为湖南中医药大学。由于各种原因，校、院并未进行实质合并。研究院与大学实行“两块牌子、两个法人单位、一个领导班子”的管理体制和运行模式，除领导班子统一外，研究院仍为独立事业法人，计划、财政单列，各项管理工作仍按合并前模式独立运行。

　　2021年初，校(院)党委积极向省委省政府争取将正在改制的枫林宾馆并入研究院，得到了大力支持。为解决枫林宾馆并入人员人事编制管理政策障碍，2021年7月，省委编办下达通知将附属医院纳入全省公立医院人事编制管理改革试点单位，改为我院所属公益二类事业单位，明确事业编制308名，人员总额552名，新进人员实行备案制管理。2021年9月30日，我院与省机关事务管理局签订枫林宾馆移交协议，圆满完成枫林宾馆并入工作。2021年7月，省委编委下达《关于湖南省中医药研究院有关机构编制事项的批复》，同意我院为省政府直属的公益一类事业单位，机构规格相当于正厅级，事业编制252名。2022年2月，省委办公厅、省政府办公厅印发《湖南省中医药研究院职能配置、内设机构和人员编制规定》，进一步明确了我院的单位性质、机构规格、隶属关系、职能配置、人员编制和干部职数，同意设置13个内设机构。2022年4月6日，我院正式恢复独立建制，新一届党委班子成立，研究院的历史翻开了崭新的一页。