院旗左上角为院徽，下方为院名及其英文，设计科技蓝、院徽红两个颜色。

　　院徽圆点为 7:3 的纵深比例，运用黄金比例 1:1.618 将波浪分割出，精确的美学比例，对称的静态线条，形成点、线、面三维虚实空间和颜色质感元素的有机组合整体。

　　旗帜为标准2号，尺寸长240cm、宽160cm，旗帜比例3:2。

　　采用现代设计手法，融合中医阴阳太极图的构思理念，庄重、简洁、美观、大方，符合当代审美，具有较高的艺术价值和实用性，飞扬的飘动感形象展现了研究院人为推动中医药事业产业高质量发展的姿态、风貌与精神!