中药临床药理研究所是湖南省中医药研究院独立建制后新组建的研究机构，主要承担中药新药、中医药健康产品、医疗器械、诊疗方案及技术的临床试验，开展医疗机构中药制剂临床安全性、有效性研究，以及上市中医药产品的临床综合评价研究。目前，该所下设4个职能科室：

　　办公室：负责组织起草研究所行政公文、信函、规章制度、各行政单位职责分工，以研究所名义发布有关事项的通知公告;负责研究所各种行政会议的组织和记录，以及会议相关文件、报告、计划、总结等文字材料起草;做好行政类文件的收发、登记、编号、传阅、收回、整理、立卷存档及保管工作，执行保密制度;针对文件内容，提出拟办意见，对上级机关和有关单位的通知及时汇报有关领导，并请示办理意见;负责机要公文的打印、复印;负责研究所对外联系联络，做好研究所各项接待安排工作;负责研究所领导办公室和会议室的管理。

　　中药新药临床试验研究室：根据医疗、教学、科研需要，进行临床用药、中药新药、医院制剂的临床试验基础实验及应用研究，包括安全性、有效性、质量标准化、药物相互作用、配伍禁忌等方面研究，研究药物在体内的吸收、分布、代谢、排泄等动药代动力学过程;将中药新药临床试验情报资料分析结果与临床实际相结合的应用研究;建立技术操作规程，实验记录清晰、完整、随时记录、不得涂改、按时总结，及时纠正，为临床药理试验提供好的条件。

　　质量控制办公室：负责研究所全面质量管理工作;根据研究所实际情况全面制定并定期修订、不断完善各项工作质量控制标准有关规章制度，使之持续改进更加符合研究所实际，更具可操作性;对临床试验基础实验及应用研究过程进行治疗控制;进行技术操作规程、实验记录质量的监督;定期向被检查科室反馈质量考评信息和不定期检查反馈后的整改情况，并编写质量信息简报;定期通报近期全面质量情况，总结经验、分析存在的问题，提出具体改进质控工作的意见及建议。

　　数据管理与统计办公室：运用现代信息学、管理学、统计学等方面的理论和技能对中药临床药理数据进行管理与统计;对药物情报资料的咨询收集、整理、统计、分析工作;负责根据上级部门要求进行中药临床药理相关数据的报送。